北京交通大学档案馆既是学校档案工作管理部门，又是保存和提供利用本校档案的专门机构。档案工作始于建校初期，与学校发展同步。1999年3月学校将原校办综合档案室、人事处人事档案室和学校史志办公室合并建立档案馆。1999年12月经专家组评审，北京交通大学档案馆被认定为档案工作目标管理国家二级单位。2003年9月10日，档案馆被列为学校直属单位。

　　学校档案馆位于天佑会堂北侧的第四教学楼，内设办公室、综合档案室、人事档案室和史志研究室（校史博物馆）四个部门。截至2022年底，馆藏总数超198000卷，保存人事、党政、教学、科研、基建、财会、外事、照片、出版物等类别档案材料。

　　2009年8月31日正式开馆的校史博物馆集中展现了学校百余年办学发展历程。2013年8月，学校校史博物馆入选“北京市海淀区爱国主义教育基地”。

　　近年来，北京交通大学档案馆承接了铁道部档案史志中心《中国铁路志建设志（线路卷）》约100万字编修工作。编写的学校史志鉴相关资料包括《拼搏与奋进-北京交通大学百年回顾与思考》、《我与交大》、《中国桥魂》、《京色交大》、《百年图鉴》和《北京交通大学志》（1998--2010）等。

　　北京交通大学档案馆2010年当选教育部直属高校档案工作协会理事单位和北京市高校档案研究会理事单位。2015年加入全国高校博物馆育人联盟，2016年成为中国高教学会校史研究分会会员，2017年加入中国铁道学会文化与博物馆工作委员会。